La naturaleza que hoy en día encontramos en los recintos para su protección muestra al mundo que Yucatán es uno de los estados que busca la protección de sus especies endémicas y que les preocupa la conservación de las especies naturales. El hermoso estado de Yucatán tiene la cultura de respetar y proteger a los seres vivos y a la naturaleza que tiene, por esa razón hay reservas naturales, santuarios e incluso zoológicos en los que se cuida el patrimonio natural de Yucatán. La variedad de especies endémicas de Yucatán podemos encontrarlas en las reservas naturales como la Ría Lagartos, Ría Celestún y Arrecife Alacranes.
- Ría Lagartos: Reserva Especial de la Biosfera de 47,840 hectáreas donde se encuentran varios asentamientos humanos como El Cuyo, Las Coloradas, Río Lagartos y San Felipe, el más significativo y también puerta de entrada a la reserva. La ría es rica en ecosistemas, ya que hay vegetación sumergida, duna costera, manglar, selva baja caducifolia, tular y petén en los que habitan el venado cola blanca, le lagarto, el ocelote, el jaguar, aves como el halcón peregrino, el loro yucateco, el chorlito y el flamenco rosado.
- Ría Celestún: Es una Reserva Especial de la Biosfera, pues no ha sido alterada por el ser humano. La ría tiene es el principal centro de alimentación del flamenco rosado y hogar de 95 especies de aves residentes y 75 migratorias. En sus playas desovan tortugas caguama y carey mientras que en sus aguas habitan pulpos, langostas, meros, jaibas, camarones, robalos y pargos.
- Arrecife Alacranes: Este Parque Nacional está integrado principalmente por tres áreas: los arrecifes, la laguna interior y las cinco islas arenosas (Isla Pájaros o Blanca, Isla Chica, Isla Pérez, Isla Muertos o Desertora e Isla Desterrada) que dan lugar al único banco de coral en Yucatán y el más grande en el Golfo de México. Las islas son hogar de numerosas aves y especies amenazadas como el gavilán pajarero, el halcón peregrino o el chorlito silbador, así como área de desove de tortugas.